实验室现有面积近5500平方米，建有组织学实验室、血液学实验室、能量学实验室、营养学实验室、生殖生理实验室、分子生物学实验室、发育生物学实验室、病害控制实验室、水产品安全实验室、标本室及鱼类信息系统等。现有设备总价值人民币4500余万元，10万元以上设备3400余万元。生产应用方面，建有集约化循环水养殖车间，鱼苗培育系统，试验鱼池，养殖水面20多亩。 在万州水产研究所建有设施条件一流的特有鱼类、经济鱼类亲鱼培育及繁育基地，可满足年繁育鱼苗2000万尾的需求。