西南大学淡水鱼类的研究始于20世纪50年代初，由施白南教授（方毅任副总理时聘请的科技顾问之一）开创，罗泉笙、何学福、苏良栋等先生做了大量工作，从20世纪50年代开始长江上游有关鱼类的研究工作，70年代初开始了为期近10年的长江流域鱼类资源调查，同时完成了中华鲟、白鲟、达氏鲟等保护鱼类以及一批重要经济鱼类的生物学及人工繁殖研究，在长江鱼类资源、个体和群体生物学、鲇形目鱼类的系统研究等方面积累了丰富资料，为后期的研究奠定了坚实的基础。从20世纪80年代起，对以长吻鮠、南方鲇等为主要对象的20余种名优经济鱼类的发育、生长、繁殖、种内和种间关系、种群变动规律及其与环境的关系、以及与此相关的形态解剖学、机能形态学、细胞生物学、内分泌学、呼吸代谢与能量收支平衡、繁殖能量分配模式的生态适应机理等方面开展了系统的研究工作，使得对鱼类的生殖与生长发育等研究深入到解剖、代谢与细胞水平。近几年来，在保持已有研究特色的基础上，将经典的鱼类模式动物和重要的名优鱼类、经济鱼类的研究相结合，运用遗传学、发育生物学、生物化学与分子生物学、基因组和蛋白质组学研究方法，将鱼类的生殖与发育研究深入到分子水平，同时将分子水平研究与改造、繁殖和保护重要的名优鱼类、经济鱼类相结合，做出了显著成绩。
    从上世纪50年代初至今，依托长江、嘉陵江鱼类资源丰富的有利条件，立足重庆，辐射西部，面向全国，走向世界，通过艰苦努力把本单位建成了我国从事鱼类学基础、应用基础和应用研究的重要基地，同时也成为培养水生生物学及其相关学科的高级专门人才的重要基地，尤其在长江鱼类资源、特有和重要经济鱼类研究与开发、鱼类的生殖与发育、能量代谢与营养需求等方面形成了深厚的学术积淀。为学科建设和地方经济的发展做作出了重要贡献，为实验室建设奠定了坚实的基础。
根据研究工作的学术积淀、现状和学科发展需要，实验室主要设置以下四个相对稳定的研究方向:
    研究方向一 淡水鱼类资源与繁殖应用
    研究方向二 淡水鱼类生殖与生长调控
    研究方向三 鱼类组织器官发育与再生
    研究方向四 淡水鱼类生理生态与营养需求